Knowles đã cưới nhà tạo mẫu và người sở hữu hãng thời trang House of Dereon, Tina Knowles từ năm 1980. Hai người đã có hai đứa con là Beyoncé và Solange Knowles.

Vào ngày 11 tháng 11 năm 2009, Tina Knowles đã ký đơn ly dị vì ông đã ngoại tình với diễn viên Alexsandra Wright. Phòng viên cho viết rằng Wright đang mang thai đứa con của Knowles. Sau khi con trai của cô sinh ra, Nixon, cô đã đưa Knowles đến xét nghiệm máu, người đã quan hệ với cô. Kết quả là dương tính và ông phải trả tiền hỗ trợ nuôi con cho Nixon và Wright.[2]